San Nikolas eliza Iruñeko izen bereko burguaren parrokia bezala sortu zen, eta bere hazkundea eta garapena hirigunearen paraleloa izan da historian zehar. Fabrikari buruzko lehen berria 1177. urtekoa da, eta 1222an eraikin hari su eman zioten San Zernin burgukoek, berreraiketa 1231. urte aldera burutu zelarik. 1276. urteko Burguen Gerran elizak kalte handiak jasan zituen, transeptuko eta burualdeko gangak berregitera behartuz. XIV. mendean elizak lehendik zuen dorreari beste bat gehitu zitzaion, gaur egun arte iraun duena, nahiz eta Nafarroaren konkistaren garaian (1512-1530) suntsiketa handiak jasan zituen, altuera nabarmenki galduz.
XIX. eta XX. mendeetan ere aldaketa batzuk jasan zituen elizak, batez ere Lehen Zabalgunearen eraiketarekin eta Sarasateren Pasealekuaren urbanizazioarekin. Une honetan eraiki zuten kanpoko arkuteria neogotikoa, parrokia-etxea eta pasealeku berriari irekitako atea. Barnealdeari dagokionez, aspektu orokorra XIII. mendeko gotiko zistertarrari dagokio, gurutze gangak XIV. eta XV. mendekoak diren arren.
Oinplanoan lau ataleko hiru nabeetan banatua dago, gehi transeptu markatua eta burualde pentagonala, erdiko nabeari dagokionez, alboko nabeek testero zuzeneko barrundegiak dituzten bitartean. Elizaren ardatzak angelu txikia hartzen du transeptutik aurrera, eta Ebanjelioaren aldeko nabearen bukaeran XVI. mende hasieran eraikitako Santa Barbararen kapera txikia itsatsita dago. Sakristia burualdeari Epistolaren aldeko murrutik itsatsita dagoen barrundegi errektangeluar handia da.
Altxatua egituratua dago zutabe adosatuak daramatzaten diseinu eta sekzio ezberdineko pilare kruziformeekin. Alboko nabeetan kapitelek landare-apaindura daramate, oso eskematikoa eta eragin zistertarrarekin. Erdiko nabean, berriz, tradizio zistertarreko bolekin edota kiribilekin apainduta doaz kapitelak. Epistolaren aldeko lehen pilarean, hala ere, jatorri erromatarra duten kapitel korintoar ederrak ikus daitezke, Pompaelo hiri erromatarraren aurrietatik berrerabiliak seguru aski. Elizaren oinetan koru jaso gotikoa dago, nahiz eta sarrerako arku beheratua XVII edo XVIII. mendean eraldatu zuten. Landare-apaindura daramaten pilareen gainean doa, eta gurutze gangarekin estalita dago, giltzarrian San Nikolasen erliebea ikus daitekeelarik. Burualdean eta sakristiaren sarreraren ondoan horman irekitako arkosolio itxurako hilobi bat dago, euri-babesa daraman arku zorrotz baten barruan. XV. mendekoa da, eta Motza-Ezpeleta familiaren armarria agertzen da giltzarrian. Elizaren behar bezalako argiztapena bermatzeko garai ezberdineko leihoak daude. XIII. mendearen hasieran egin zituzten erdi puntuko arkuekin irekitzen diren leiho txikiak, eta hurrengo mendean egindako beirateekin apaintzen diren leiho gotiko handiak, koruaren gainean dagoen arrosa-leihoa XV. mendekoa izan daitekeen bitartean.
Estalki-sistemari dagokionez, alboko nabeak eta transeptuaren muturretako bi kaperak profil zorrotzeko kanoi-gangarekin doaz, atalak arku fajoiekin bereizten direlarik. Erdiko nabeak eta burualdeak gurutze ganga bakuna jaso zuten, eta giltzarrietan Iruñeko, Nafarroako eta Karlos III.a erregearen armarriak ikus daitezke, baita San Nikolasen irudia eta Bildots Mistikoa ere. Burualdean, gainera, nerbioak hormetan sartutako mentsula poligonaletatik abiatzen dira.
Kanpoaldean, garai batetan hilerria zegoen gaurko enparantzara bideratua dagoen atea arku zorrotzarekin irekita dago. Oso sinplea da, apaindurarik gabeko bi arkiboltekin eta zutabeen gainean doazen landare-apaindura duten kapitel bakunekin. Sarrera nagusia, hala ere, elizaren oinetan dagoena da, eta murruan egindako arku zorrotz handi baten barruan dago. XIII. mendekoa da, eta ate bera ere zorrotza da. Zeihartasuna zutabeen gainean doazen sei arkiboltekin bideratzen da, tartean baketonak daudelarik. Apaindura, oso urria, xakeztatuaz eta biletez osatua dago, giltzarrietan Krismoia eta Bildots Mistikoa dauden bitartean. Azpiko zutabeek landare-apaindura, kiribilak, hostoak eta pinaburuak daramatzate kapiteletan.
Sarasate pasealekura irekitzen den atea XIX. mendekoa da, Angel Goicoechea arkitektoak egina, eta Blas de Iranzok eta Florencio Ansoleagak diseinatu zuten gaurko zutaberia neogotikoa, 1882tik aurrera. Lan bikaina da, elizaren estilora oso ongi egokitua dago, eta eliza bera eta inguruko kaleen itxura nabarmenki aberastu zuen. Bederatzi arku zorrotzekin irekita doa, eta barnealdea gurutze-gangekin estalita dago. Bere gainean parrokia-etxea kokatu zuten, kasu honetan adreiluz egina eta harrizko kateekin izkinetan eta baoetan.
Burualdearen gainean gezileihoak dituen dorre prismatikoa dago, eta oinaldean beste dorre handi bat, XIV. mendekoa. Nafarroaren konkistaren garaian ia erabat suntsitua izan zen, eta XVIII. mendean adreiluzko kanpandegia eraiki zuten gainean. XX. mendeko zaharberritze lanetan, azkenik, gaur egun daraman adarbea, almenekin eta matakanekin, gehitu zioten.
Barnealdean, presbiterioan XV. mendeko tamaina handiko Gurutziltzatu gotiko bat ikus daiteke, gaur egun daraman markoa barrokoa den arren. Jesus hilik irudikatua doa, eta anatomia zurruna eta plano geometrikoetan antolatua dago. Burualdearen oinplanoari egokituz XVIII. mendeko koru-aulkiteria baten bederatzi eserleku jarri zituzten, rokoko estilokoak. Bi alboetan horman zulatutako bi sagrario daude. Ezkerrekoa harriz egina dago, estilo gotiko berantiarrean, eskuinean dagoen bere bikia beranduago eta igeltsuz egin zuten bitartean.
Elizaren oinetan kalitate gutxiko XVII. mendeko bi mihise daude, Amabirjina Sortzez Garbia eta Jesusen Pasioaren Onarpena irudikatuz. Gainean, XVIII. mendeko organo bat ikus daiteke.
Ebanjelioaren aldeko murruan Kristoren erretaula dago, XVIII. mendeko Gurutziltzatu batekin eta Andre Maria Nahigabetuaren irudi batekin, biak XVIII. mendekoak. Gertu, San Martinen mihisea dago, XVII. mendekoa. Saindua soingainekoa txiroarekin banatzen agertzen da, eta gaia modu traketsean irudikatu zen, bigarren mailako artista baten lana dela salatuz. Korutik gertu XVI. mendeko ponte bat dago, harroina zirkularrarekin, fuste kaxeatua eta galloiekin apaindutako kikararekin. Transeptuaren alde honetako besoan artelan moderno batzuk ikus daitezke, hala nola Pilarreko Andre Mariaren erretaula, 1912an Zaragozan egina.
Epistolaren aldean San Migelen erretaula dago. XVIII. mendekoa eta José Pérez de Eulatek egina. Bere egiturak bankua, hiru kaleko gorpu bakarra eta atiko obalatua du, baina gaur egun ikus daitezkeen eskulturetatik bakarrik San Migelena da orijinala. Saindua ezpata batekin dago, deabrua hiltzeko prest. San Eloyren erretaula ere XVIII. mendekoa da, Fermín Larráinzar artistak egina. Transeptuaren alde honetako besoan dago, eta bertan dauden eskulturak, San Eloi eta San Anton, eta San Frantzisko Xabierkoaren mihisea, XVIII. mendekoak dira. Gertu, XIV. mendeko Amabirjina eta Haurraren harrizko irudi gotikoa dago. Maria zutik agertzen da, eta Jesus amari begira dago kontaktua bilatuz.
Elizaren zoladuran XVII eta XVIII. mendetako hilobi-lauda batzuk ikus daitezke, eta sakristian, parrokia-etxean eta gainerako barrundegietan artelan ezberdinak gordetzen dira, eskulturak, pinturak, eta zilargintza eta urregintza lanak hain zuzen ere.