Hasiera hasieratik, bortizkeria eta errepresioa izan ziren II Errepublika ondoratzeko estatu kolpea eman zutenen tresna nagusiak, kolpe aurreko Molaren aginduari, "Terrorea zabaldu behar dugu", leloari jarraituz. Euskal Herri mailan, errepresio hori Nafarroako Erriberan gauzatu zen batez ere, bertan erail baitzituzten matxinatuek Nafarroa osoan hil zituzten 3.131 pertsonen gehiengoa. Beraz, Euskal Herrian ere, estatu osoan bezala, lurraren jabetzaren zein jornalarien lan baldintzen inguruan gatazka eta mobilizazioak egondako eskualdeotan izan zen bereziki gogorra errepresioa: Ebroko, Guadalquivir eta Guadiana ibarretako arroetan, gehien bat, 1936ko uda zein udazkenean. Euskal beste lurraldeotan baxuago izan zen eraildakoen kopurua: 406 Araban, 1.004 Gipuzkoan eta 906 Bizkaian, hain zuzen ere. Kontutan hartu behar da Gipuzkoatik jende askok ihes egin zuela, Bizkaia zein Iparralde aldera, eta Bizkaian tropa faxistak sartu zirenerako aldatua zegoen, neurri batean, hauen politika prisioneroekiko, kontzentrazio eremuetan sailkatzeko sistemak sortuz. Gainera, erretagoardia industriala bereziki zaindu behar zuten agintari berriek, lantegietako jarduera armagintzari begira azkar berrantolatu baitzuten, patronalaren erabateko onespenarekin, eta horretarako ezinbestekoa zen lan esku kualifikatua mantentzea. Hala ere, errepresioa tinko mantendu zen hurrengo urteotan, Euskal Herrian zein estatu osoan.
Fusilamentuak ez ziren zigor eta errepresio tresna bakarra. 37ko udaberrian prisioneroak lanean jartzeko sistema abiatu Francok zuzenduriko Junta Teknikoak, eta Bizkaiko meatzaldean hasi zen lanean lehen Langile Batailoia urte horretan bertan. Prisioneroak sailkatzeko kontzentrazio eremuak sortu ziren, eta hortik lan egitera bidali zituzten milaka gatibu Langile Batailoietan, gerra zein gerra ostean, 1942 arte, gerra frontean, trenbideetan, hiri obretan (Gernikan, Eibarren, Zornotzan, Bilbon...), lantegietan (Naval, Dinamita, Babcock...) edota Pirinio aldeko gotorleku zein errepidetan. Osotara 36.736 gatibu gutxienez, aritu ziren lanean Euskal Herrian. Estatuan 90.000 baino gehiago izan ziren 1940 arte, eta 45.000 baino gehiago horrez geroztik Batallón Disciplinario de Soldados Trabajadores delakoetan.
Errepresiorako tresna juridikoak berehalaxe antolatu zituzten matxinatuek, hainbat lege berriekin, gatibu horietako asko epaitzeko, espetxeratzeko edota erailtzeko (Ley de Represión de la Masonería y el Comunismo delakoa, 1940an, edota Ley de Seguridad del Estado izenekoa, 1941an). Hala ere, gerra bitartean ere ekin zion Justizia Ministro berriak, Rodezno konteak, espetxe eta epaitegi sistema antolatzeari, eta horren oinarria 1938an sorturiko Patronato de Redención de Penas por el Trabajo izan zen. Erredentzioaren barnean presoen lana, presoen portaera espetxe barnean eta senitartekoen kontrola ere gauzatu zen. Azken hauen sostengua, hala ere, funtsezkoa izan zen giltzapetuen egoera zertxobait aritze aldera, espetxe barneko baldintzak, elikadura barne, tamalgarriak zirelako.
Osotara, 400.000 gatibu inguru zeuden gerra bukatutakoan, eta horretarako eraikin asko bihurtu zituzten espetxe. Euskal Herrian ere horretarako erabili ziren hainbat eraikuntza, besteak beste gerra garaiko hainbat kontzentrazio eremuak (Deustuko Unibertsitatea, Urduñako Jesuiten ikastetxe bat, edota Iratxeko monastegia...). Espetxeen artean entzutetsuena Ezkaba mendiko San Cristóbal gotorlekua izan zen, bereziki gogorra ziegak lurpean zeudelako, eta bereziki famatua 795 presok ihesaldia saiatu zutelako 1938an. Emakumeentzako espetxe bereziak ere sortu ziren, Zornotza eta Saturrarangoak, besteak beste. Gerra osteko urteotan zaila zen oso hainbeste pertsona giltzapean mantentzea (aintzat hartu behar da gerra aurreko espetxeetan 15.000 preso baino ez zeudela), eta hurrengo urteotan nabarmen jaitsi zen estatu osoan preso kopurua, espetxe berriak eraikitzen ziren bitartean.
Garaituak ekonomikoki ere zigortu nahi izan zuen erregimen berriak, eta horretarako isun eta desjabetzeak gauzatu ziren, gerra bitartean kontrol judizialik gabe, eta 1939tik aurrera Ley de Responsabilidades Políticas delakoarekin. Horrela, lurrak, etxeak edo bestelako ondasunak galdu zuten familia askok, hainbat kasutan familiarteko batzuk erailak edota espetxeratuak izan ondoren. Lana ere galdu zuten beste hainbestek, administrazioan eta hainbat enpresetan martxan jarritako depurazio sistemaren bidez.
Prozesu honen barrenean agintari berriak irakaskuntza goitik bera berrantolatzen bereziki saiatu ziren, eta horretarako kanporatuak izan ziren gerra aurreko irakasle asko. Izan ere, kultura mailan ere nabarmena izan zen errepresioa, gerra aurreko ekimen asko errotik ezabatuz, antzerki herrikoiak edota herrietako ateneoekin gertatu bezala, ahalegin berezia hizkuntzaren inguruan eginez, euskara bezalako hizkuntza gutxituak zigortuz eta II Errepublikan martxan jarritako ikastolak eta eskola libreak galaraziz.
Gainera, aintzat hartzekoa da errepresioa modu berezian zuzendu zela emakumeen aurka, genero baloreen arabera. Askoz gutxiago izan ziren fusilatutakoak, baina emakume askok umiliazio publikoak eta sexu erasoak pairatu behar izan zuten. Gainera, berehala ekin zion erregimen berriak errepublika garaian erdietsitako lorpen sozialak indargabetzeari, emakumeentzat 1889ko Kode Zibileko artikuluak berreskuratuz eta ezkondutako emakumea senarraren menpekoa bihurtuz.
Ikusi bezala, erabateko aldaketa bultzatu nahi zuen politika errepresibo honek, beldurra eta exterminioaren bidez ezerosoak izan zitezkeen milioka pertsonen ekimen soziala eta politikoa geldiaraziz. Javier Rodrigo historialariak esan bezala, inbertsio handia egin zuen frankismoak biolentzian, eta horrek, neurri handi batean, ahalbideratu zion bere iraupena. Hain zen sakona, gainera, hasierako inbertsio hori, ezen posible izan zitzaion, denbora pasatu ahala, preso kopurua nabarmen jaistea eta heriotza zigorra askoz modu selektiboan erabiltzea, inoiz tresna horiek baztertu gabe, 1975ko fusilamentuek erakusten duten moduan.