Mediku gipuzkoarra, espainiar gastroenterologia-eskolaren sortzailea, Oñatin jaio zen 1861eko apirilaren 18an eta Bartzelonan hil zen 1938ko azaroaren 21ean.
Ikasketak Valladoliden eta Madrilen egin zituen. Madrilen lizentziatu zen 1886an, eta handik hiru urtera doktoretza egin zuen Pronóstico de las lesiones valvulares crónicas tesiarekin. Bi urtez jaioterrian jardun ondoren, Madrilera joan zen, eta han, 1892an, aretoko buru egin zuten Ospitale Nagusian. Madrilgo ospitalean zela, garai hartako espainiar klinika berriztatzeari ekin zion. Baliabide eskasak bazituen ere, haren lana erabakigarria izan zen, pentsamolde anatomoklinikoa sartzen lagundu baitzuen. Pentsamolde hark iraulia zuen zortziehuneko medikuntzaren esparrua. Patologia Orokorreko irakaslea izan zen Madrileko unibertsitatean 1903tik 1927ra. Haren izen ona, ordurako aipagarria zena, erabat zabaldu zen 1907tik 1909ra eman zituen ikastaroekin. Ikastaro haiek 1910ean argitaratu ziren: Fisiología patológica de la digestión eta Enfermedades del esófago y del estómago.
Teofilo Hernando eta Marañonek zuzendutako Barne-medikuntzaren eskuliburuan, Madinabeitiak idatzi zuen "Enfermedades del peritoneo" lana (1916); lan kliniko horrekin onarpena handia lortu zuen, eta ohorezko presidente izendatu zuten Digestioaren Patologiaren lehen bi Kongresuetan (Valentzian, 1931n; eta y Bartzelonan 1933an). Gerra Zibilak Donostiako (Gipuzkoa) etxean harrapatu zuen; Frantziara joan zen, eta gero, Bartzelonara. Hantxe hil zen, ia inork jakin gabe, Indalecio Prietok dioenaren arabera (El Socialista, 1956-11-1):
"...hiletan, Bartzelonan, 1938an, haren seme Antonio, lagun-mina izandako On Julian Aguado doktorea eta ni bakarrik izan ginen, inori ez deitzeko agindu baitzuen".
Madinabeitiarengan nabarmentzekoak dira izaera onbera, eta jarrera intelektuala, anarkismotik hurbil zeuden printzipio ideologikoei eusten ziena, nahiz eta kontraste handia izan bere gizarte-mailarekin; pentsamoldean zuten kidetasunak sendotu egin zuen Simarrorekin zuen adiskidetasuna, eta laborategi bat jarri zuten elkarrekin; Madrileko Ateneoan, 1902an, orduan "arazo soziala" zeritzonari buruzko eztabaidetan parte hartu zuen, Federico Uralesen pentsaera anarkista defendatuz, Luis Simarrorekin eta artean anarkista teorikoen taldekoak ziren idazle gazteekin batera (besteak beste Maezturekin eta Azorinekin); 1919an Boltxebikeen Iraultzaren defentsa egin zuen Ateneoan bertan, 1919an, eta oihartzun handia izan zuen.
Hark sortutako eskolako partaide dira XX. mendean Espainiako medikuntzak emandako izenik ospetsuenak: Luis Urrutia, Teofilo Hernando, Jimenez Diaz, Sanchis Banus, Gregorio Marañon... Europako kliniketan nagusi zen metodo anatomoklinikoa baliatuz, Madinabeitiak azterketa zorrotza ezarri zuen espainiar medikuntzan. Azterketa haren oinarria datu multzo txiki baina eragingarri batek osatzen zuen; datuek zientifikoki balioesteko modukoak izan behar zuten beti. Galdeketa medikutik gaixotasunaren prozesuko alderdirik garrantzitsuenak ondorioztatzeko gaitasun berezia zuen, eta horrela lortzen zuen diagnostiko zorrotzak egitea, laborategiko datu gutxi izanda ere. Diagnostiko haiek autopsietan berresten ziren gehienetan. Marañonek, 1929an, Madinabeitiari buruz esan zuen "Medikuntza garaikideko maisu handietako bat" zela.