Artajona fue disputada a los navarros por musulmanes, aragoneses y castellanos teniendo que ser sometida a diversas etapas de repoblación. Del estado en que se hallaba en el siglo XI da testimonio la bula del Papa Pascual II al rey de Navarra Pedro I (1094-1104) en el siguiente trozo:
"Y, como (Artajona) era pobrísima y casi sin bienes raíces de ningún género, al fin como recientemente poblada, el rey mismo, movido a piedad la dotó de su propia hacienda; hízola además libre e ingénua a perpetuidad".
1070: el rey de Navarra Sancho IV concedió a García Aznárez la villa de Artajona "ad populandum" para que la repoblara.
1070: donación de la iglesia de Artajona al Monasterio de San Juan de la Peña por García Aznárez.
1088: privilegio del pontífice Urbano II a favor de la iglesia de Artajona.
1094-1104: Pedro I ordena a su merino Aznar García, por segunda vez, que entregue al canónigo de San Saturnino de Artajona el diezmo de la novena que percibía el rey.
1096: excomunión de la iglesia de San Juan de Artajona por Pedro, Obispo de Pamplona.
1110: Sancho Fortuñones vende al abad Ugón de Conques y al monasterio de San Saturnino las tierras que tenía en Artajona.
1135: es alcaide del castillo Miguel de Lerat que antes había gobernado en Sangüesa, San Adrián y Dicastillo.
1137: El rey García Ramírez se dirige a los vecinos de Artajona para mediar en las querellas que éstos tenían contra el abad Arnaldo. Es alcaide del castillo de Artajona Pedro de Arceis, funcionario nombrado por Sancho el Sabio (1150-1194). A mediados del siglo XII las villas de Artajona, Mendigorria, Miranda y Larraga fueron entregadas en arras a Doña Urraca, esposa de García Ramírez. Luego la gobernó Sancho el Deseado, futuro rey de Castilla.
1158: la villa fue reconquistada definitivamente por el rey Sancho el Sabio que la dotó en 1193 de fuero particular con privilegios y exenciones. D. Sancho el Sabio redujo sus pechas a mil maravedís buenos y de peso al año; y que cada vecino pagase según sus bienes, muebles y raíces, con lo cual les hizo libres de dar a ningún señor, ni otra persona, cena, novena, carnaje ni cosa alguna, excepto los homicidios y colonias, que no hubiese señor, clavero, merino, sayon ni prestamero, salvo aquella potestad que tuviere la villa por mano del rey, que esta potestad no pudiese poner clavero en el pueblo, que los vecinos no fuesen a facendera (labor), que al ejército fuese uno de cada casa y al apellido todos los que pudieran tomar las armas. El fuero llamado de la Novenera ha sido estudiado por Gibert y editado por Tilander. Comprendía a Artajona, Larraga, Miranda y Mendigorria.
1193 y 1194: es alcaide del castillo Pedro Martínez de Lehet que posteriormente ocupó el mismo cargo en Tafalla (1196, 1201 y 1208) y en Uztárroz (1224).
1208: el rey D. Sancho el Fuerte redujo, todavía, la pecha de Artajona a 7.000 sueldos, de los cuales, 6.000 fuesen para el ricohombre, que tuviese el honor de la villa, a razón de 20 caberías y los 1.000 restantes para el rey; en lo demás ratificó lo concedido por D. Sancho el Sabio, añadiendo que los vecinos que tuviesen escudo, y capillo de hierro, no recibiesen huéspedes (alojamiento) si no quisiesen. Todo esto fue otorgado en agradecimiento por la participación de los artajoneses en la jornada de las Navas de Tolosa. Artajona fue villa realenga, teniéndose en cuenta la circunstancia de ser villa murada y fiel y como además poseía una respetable cabería, se ordenó que el señor que tuviese el honor de la villa, poseyera anejo el cargo de alcaide de la fortaleza.
1269: el rey D. Teobaldo II concedió libertad de todos los homicidios que ocurriesen, por cualquier motivo, a los habitantes de Artajona en pago de 2.000 sueldos que le dieron para la guerra Santa. La nómina de alcaides del castillo de Artajona durante los siglos XIII y XIV recogida por Altadill es la siguiente: año 1276, la Comunidad de la villa, la cual por votación le designaba; 1279, D. Pedro Rodríguez de Argaiz; 1306 y 1307, D. Didaco Sancii de Garcés; 1313, D. Guillermo de Loarce (con sueldo de X libras anuales); 1319, la Comunidad de la villa lo designaba; 1331, continuaba a cargo de la Comunidad; 1336, D. Diego Sainz de Eulate; 1339, nuevamente lo designaba la Comunidad; 1390, continuaba el mismo sistema de elección. Los libros de Comptos nos dan cuenta en sus capítulos de justicia facienda, de algunos casos relacionados con Artajona: en 1334, Martín Périz de Monreal fue ahorcado a la vista del castillo por hurtos comprobados; el mismo año fueron encerrados en el castillo muchos malhechores acusados de hurtos y sometidos a la superior censura y penalidad; García Périz de Lizur por homicidio comprobado fue ahorcado ante el castillo; Miguel Fernández, por haber robado a un hombre las vestiduras y matarlo luego, fue arrestado públicamente y después enforcado; Gonzalvo de Castro-Urdiales que cometió varios hurtos en Estella, sufrió pena de horca, ante el castillo, trayéndosele preso desde Los Arcos; Sancho Sánchiz de Guelbenzu, apresado como ladrón, fue llevado a Pamplona y condenado a despeñarle de la Torre de la Galea; también con igual penalidad, colgando sus cabezas de la citada Torre de La Galea fueron enviados a Pamplona siete ladrones que combatieron contra el merino Juan Périz de Lecumberri, hiriéndole siete peones, en intento de robo.
1380: el rey Carlos II manda a Juan de Abarzuza y Juan de Murillo que no obliguen al prior de Artajona a pagar los 70 florines en que están tasados él y los racioneros de su priorato en concepto de ayuda de guerra, porque el capitán que fue puesto durante la misma en la dicha villa había tomado las rentas del priorato.
1423: el rey Carlos el Noble, la declara "Buena villa" e infanzones a sus vecinos. Les otorga escudo de cadenas de oro en campo azul, con encina en un lado y cadenas con banda y corona en el otro. Adquirió asiento en Cortes detrás de Tafalla en cuanto a asistencia, según. el uso, derecho a mercado semanal el lunes y que se sortease un solo sujeto para alcalde, al cual debía de despachar el título correspondiente el virrey de Nav. En 1439 había quedado reducida a 60 moradores. En 1464 sólo contaba 50 debido a los grandes daños que sufría por las frecuentes guerras. El rey D. Juan II, en consideración a ello, rebajó los 77 florines y 9 sueldos, que pagaba por cada cuartel, a la mitad.
1484: Los reyes D. Juan y Doña Catalina donaron los derechos sobre la villa al conde de Lerín, condestable de Navarra. Surgieron por esta causa varios conflictos ya que los vecinos no se resignaron al decreto real invocando sus antiguos privilegios. Por ello fue revocada la donación y la villa fue reincorporada a la Corona Real el 29 de octubre. Sin embargo el conde, caudillo de los beamonteses, recurrió a las armas para sostener sus pretensiones y en el año 1494 vino a la villa con gente armada e intimó a que se le prestase obediencia. Los vecinos se negaron y viendo los ultrajes y atropellos que cometía el Condestable en la persona del alcalde nombrado por el rey y en la de los hombres llevados a las prisiones de los castillos de Larraga, Dicastillo y Mendavia, acudieron al rey que comisionó a dos capitanes suyos para que libertasen a Artajona; así lo hicieron, en efecto, y volvieron a colocar al alcalde desposeído por el Condestable. En uno de los intentos por apoderarse de la villa, el conde de Lerín fue rechazado a pedradas por las mujeres del lugar 1498: el rey D. Juan de Labrit, anulando definitivamente todas las gracias hechas por los reyes anteriores, sobre la villa de Artajona, la incorporó para siempre al patrimonio real, mandando que jamás pudiera ser vendida, empeñada ni separada.
1513: nueva intentona del Conde de Lerín; esta vez penetró con gente armada en la villa y se apoderó por la fuerza de la jurisdicción.
1520: Carlos V confirma al Conde en sus pretensiones.
1521: a pesar de haber decretado Cisneros la demolición del castillo, en este año fue nombrado Charles de Erbiti alcaide, nombramiento efectuado por Asparrot.
1544: se hacen ordenanzas para el buen gobierno de la villa.
1551: se inicia nuevo pleito entre la villa y el Condestable que finaliza el 18 de diciembre de 1596: se declara a Artajona villa realenga con jurisdicción propia y con el privilegie especial de celebrar por sí sola las proclamaciones reales, a diferencia de otras villas que debían acudir a la cabeza de su merindad. Este pueblo obtuvo privilegio y confirmación de asiento en Cortes en 1631 por 1.900 ducados de plata doble, que dio para las guerras de Italia. El alcalde y regidores confieren la escribanía de ayuntamiento.
Artajona es zona interesante desde el punto de vista arqueológico. En el primer tercio del siglo el P. Picornell realizó algunas exploraciones logrando reunir cierta cantidad de cerámica prehistórica y romana, fósiles, sílex, etc. En 1945 Taracena y Uranga visitaron el lugar descubriendo un poblado de la edad del hierro en la zona llamada Dorre. Posteriormente López Selles exploró el dolmen de Farangortea situado en el centro del portillo de Enériz, a los 1.º 56' 10" long. (M.) y 42º 37' 30" lat., que es, según Maluquer de Motes, el monumento más rico de la cultura megalítica navarra. A cerca de un kilómetro de este dolmen se halla otro en el paraje llamado La Mina, a los 1º 56' 41" long. y 42º 37' 13" lat. En las excavaciones de Maluquer de Montes de 1961, fue hallada asimismo gran cantidad de materiales líticos, hachas, cerámica, etc., que atestiguan la existencia de un poblado prehistórico.