Cuestiones jurisdiccionales. Galdames no pudo sustraerse a los pleitos que enzarzaban periódicamente al Señorío y Encartaciones a propósito de cuestiones jurisdiccionales. Los hubo en 1610 y 1623. El 17 de abril del año 1624, la Junta general del Señorío de Vizcaya, ante el peligro de un ataque de naves holandesas contra la costa vizcaína, decidió en junta habida el 17 de abril del año 1624 reforzar las defensas de las costas y puertos de Vizcaya y nombrar capitanes y oficiales en todas las villas y anteiglesias del Señorío. Fue nombrado capitán de San Pedro y San Esteban de Galdames D. Jerónimo de Murga. Las villas protestaron a causa de estos nombramientos, pues hasta entonces siempre habían sido los alcaldes capitanes de sus respectivas villas en caso de guerra, entablando un pleito con el Señorío y dando lugar a que finalmente el rey Felipe IV revocara los nombramientos en noviembre del citado año. En 1650 se trató de llegar a una concordia pero en 1662 hubo otro pleito, esta vez en torno a la jurisdicción del corregidor.