Su misteriosa muerte: 23 de septiembre 1461. En los últimos días de agosto su salud comenzó, misteriosamente, a declinar. El 22 de septiembre se sintió muy enfermo y el 23 fallecía a los 40 años de edad, presa, tal vez, de un envenenamiento criminal o de una vulgar tuberculosis. Dejaba sólo hijos ilegítimos: con María de Armendaritz tuvo a Ana de Navarra (h. 1451-1477), que casó con Luis de la Cerda, primer duque de Medinaceli; Brianda Vaca le dio a Felipe de Nav. (h. 1456-1488) que fue conde de Beaufort y maestre de la orden de Montesa; en Italia, una dama napolitana de la familia Cappa procreó a Juan Alfonso de Navarra (1459-1526) que fue obispo de Huesca y abad de San Juan de la Peña. Tal vez fue hijo suyo también un tal Jaime. A su muerte, Navarra, que quizás hubiera podido continuar bajo su cetro la "risueña y tranquila mañana" que iniciara su abuelo, se sumió en una inestinguible guerra de bandos. Una monarquía débil -tremendamente disminuida en sus rentas por su propia prodigalidad-, una clase rectora, la nobleza, dividida en bandos irreconciliables, una burguesía raquítica sometida a los vaivenes generales del reino, fue la herencia que dejaron los monarcas navarros de la casa de Castilla -Príncipe de Viana, Juan II, Blanca II, Eleonor- a sus descendientes. Carlos de Viana no fue ni peor ni mejor, sino mera ocasión de ruina. En Cataluña, su muerte misteriosa y la vinculación de su suerte a la de los fueros catalanes le proporcionaron fama de santo, capaz de hacer milagros, hasta bien entrado el siglo XVIII.