Prisión de Carlos: sigue la guerra (1451-1453). El infante de Aragón regresa con más tropas y derrota al Príncipe -al que hace prisionero- en Aibar. Navarra queda dividida en dos zonas político-administrativas distintas: una bajo la obediencia de los partidarios del Príncipe, otra bajo la de Juana Enríquez que, el 10 de marzo de 1452, da a luz a Fernando, futuro Fernando el Católico. Carlos, bien custodiado, es recluido en Tafalla, Tudela, Mallén y Monroy sucesivamente. El 20 de mayo de 1453 redacta un testamento por el que deja como heredera a su hija Ana de Navarra. Escribe, o comienza, al menos, su Crónica de los Reyes de Navarra. El 23 de mayo de este año, D. Juan, presionado por 40 diputados del reino de Aragón, por la impopularidad de la reclusión y por las incidencias de la guerra civil en Navarra, deja en libertad vigilada al Príncipe con la condición de que no salga de Zaragoza. Guarda como rehenes a Luis de Beaumont y a sus hijos, junto con otros beamonteses.