En el año 1069 Fortunio Oriol donó todo lo que poseía en Agüero, Murillo, Cenarbe, Artazo, Burgui y Abós al monasterio de San Juan de la Peña [Colección Doc. para el Estudio de la Historia de Aragón, IX]. El rey Don Teobaldo I vendió a sus vecinos, en el año 1248, el molino que tenía en ese lugar para siempre, por 50 cahices de trigo al año, obligándose el rey a no hacer otro molino, salvo el derecho del rodero.Consta, sin embargo, que en 1480 el rey Francisco Febo tenía molinos en Burgui y fueron donados a Lópiz de Burgui, alias Navarro, quien los vendió después al concejo del pueblo por 800 florines. En los pastos de este pueblo tenía derecho el de Ustés. Hubo cuestiones entre Burgui y Roncal sobre facería de términos. Tuvo Burgui castillo fronterizo. Desde remota fecha lo poseía la villa por su importancia, sin intento de enajenación real, antes bien mejorando sus condiciones defensivas cual demandaban su posición estratégica y su vecindad aragonesa inquieta y sin cesar amenazante. Entre los alcaides del castillo se contaron diferentes miembros de las familias Garceis y Aznariz, de noble estirpe, que también mandaron otros castillos y elevaron el valor defensivo de la fortaleza, la cual fue siempre atendida como muestra de gratitud a dichas familias, cuya lealtad estaba bien probada. La alcaldía de este castillo estuvo fiada en 1294, simultáneamente a las de Isaba y Castelnovo, al capitán don Beltrán Jordán. En 1232 lo gobernaba don Ximeno de Aibar, el mismo que en 1215 había ejercido ese cargo en Salazar y el 1218 en Sangüesa, habiendo asistido en 1212 a la épica y gloriosa jornada de las Navas de Tolosa. Burgui fue uno de los castillos que Cisneros mandó desmantelar, pero no nos ha quedado testimonio del cumplimiento de esa demolición. El último de los alcaides del que nos resta memoria fue un Ayanz, don Fernando, señor de Gendulain, fidelísimo navarro, repetidamente encomiado por el Príncipe de Viana y por Don Juan II, por relevantes servicios. La nombradía de los Garceis al entroncar con la rama de los Mencos en el año 975 ganó en veneración y respeto: un Fortún Garceis, enlazado con dicha rama, tronco diríamos de los Mencos, fue ocasión de que el primer Garcés casado con doña Teresa Mencos aparezca como testigo en la donación hecha por don Gonzalo González Mencos en abril de dicho año al cenobio femenino de Cilla-perlata en el lugar de Nogueras. La rama de los Mencos hoy vinculada al conde de Gendulain cuenta entre sus muchos y valiosos ascendientes a un Julián Mencos que fue Abad de Briviesca; un Manuel Martínez de Mencos que fue Prior de Requesens y Cronista de S. M.; un Juan de Mencos donante de numerosas y vastas fincas al Monasterio de Ntra. Sra. de Valvanera; un don Fortún Mencos, Merino mayor de Castilla; un don Rodrigo de Salazar; una doña Elvira López de Haro, hermana de don Diego López de Haro; un don Diego López de Vargas (a) Machuca; un Fray Gonzalo Sánchez de Mencos de la Sma. Trinidad, destacado Miembro de la Redención de cautivos; un don Martín Mencos, poderoso Señor de Valverde; un Fray Martín Sánchez de Mencos del Monasterio de la Trinidad de Puente la Reina; otro don Miguel de Mencos, espléndido donante a varios cenobios; una señora doña Teresa Mencos, Priora de San Juan de Acre; un don Juan Mencos agramontés, que asistió con don Juan de Aragón a la batalla de Olmedo; un don Carlos Mencos Alcalde Mayor de Tafalla y don Francisco de Mencos y Ayanz, señor de Ayanz en Nav.; un don José Sebastián de Mencos y Ayanz, Alcalde perpetuo de los Alcázares de Olite y Tafalla; un don Rafael de Mencos de Ayanz, señor de Redín, Bigüezal y Gendulain con seis votos en las Cortes de Nav.; un don Juan Pablo de Mencos muerto en la guerra del Rosellón; un don José María de Mencos y Eslava, Comendador de San Juan de Malta; y otros muchísimos de los cuales brotaron el celebérrimo capuchino don Tiburcio de Redín y el Gran Apóstol del Japón y de las Indias San Francisco Xabier. La acción incontrastable del clima y de los siglos ha borrado los vetustos residuos de este monumento. Fue castillo fronterizo con sellos de feudal. Como en varios y no cortos intervalos, Burgui no conservó el carácter y condición de limítrofe, porque nuestras fronteras se internaron ampliándose nuestro territorio más que ahora en el sentido oriental, no llegó a revestir ante la historia una importancia principal, ni sus paramentos llegaron a mostrarnos guerreras cicatrices; fue más bien un palacio de la paz, en medio de un paisaje movido; abrupto, abierto para las luchas encarnizadas que en él no llegaron a desarrollarse (al menos no se reflejó en la historia). Da razón de este castillo fronterizo el señor don Pedro Madrazo en su muy difundida obra Navarra y Logroño: su naturaleza e Historia, t. I, p. 524, que dice así: «Dentro del término de Burgui y a una media legua de esta villa al N., está la ermita de Ntra. Sra. del Camino, y otra con la advocación de Ntra. Sra. del Castillo, donde hubo uno muy fuerte hasta principios del s. XVI...». Burgui sufrió las terribles consecuencias de la guerra napoleónica en su propia carne. El 23 de mayo de 1810 llegaba una columna de 350 soldados para reprimir el levantamiento antinapoleónico en el Roncal por lo que la Junta del Valle acordó la defensa del mismo. Tras la derrota y rendición de estas fuerzas y del mismo comandante Pouxalet que las mandaba, a manos roncalesas, las emboscadas y la lucha abierta prosiguen durante los tres meses siguientes, al cabo de los cuales el mariscal Suchet envió desde Zaragoza una división de 4.000 soldados para castigar ejemplarmente al valle, mientras otra división se acercaba, por un itinerario diferente, al mismo valle. Los roncaleses atajaron la riada francesa en la Foz de Salvatierra, cercana a Burgui. Ante la imposibilidad de seguir adelante, los franceses subieron al alto de la Virgen de la Peña, sobre Burgui, y viendo que los roncaleses se retiraban a la villa de Roncal, cayeron sobre la indefensa Burgui destruyéndolo todo a su paso (28 de agosto). El pueblo fue saqueado e incendiado a continuación y los habitantes que en él se hallaban fueron degollados sin piedad. Todo Burgui ardió sin que quedara en pie ni siquiera la iglesia cuyo cuerpo de campanas se desplomó. En cumplimiento de la ley de desamortización del I de mayo de 1855 se vendieron en esta localidad en 1864, dos hornos, un molino harinero y una finca rústica [Ref. Rafael Gómez Chaparro «La desamortización civil en Navarra»].