En una grieta de la orilla de la ría de Ea se descubrió un depósito de fósiles, catalogados como "Equus cabalus fossilis", del cuaternario antiguo. Ea poseyó una casa armera en Bedarona. Según doc. del Archivo de Simancas fechado el 2 de junio de 1492, pese a la prohibición por parte de los Señores de Vizcaya (RRCC) de que se construyeran casas fuertes, en Ea se estaban alzando dos, una por Ortun García de Arteaga y otra por el linaje de Zubieta. En dicho documento la localidad aparece como Hean. La barriada es sin embargo de población más reciente; El DGHRA de la historia sitúa su formación en el siglo XVI: "Compónese de dos barrios formados de 300 años a esta parte, el uno en territorio de Ereño, y el otro en el de Nachitua, a las cuales pertenecen, y divididos por una ría que en su embocadura forma un puertecillo de muy poco fondo. Tendrán entre ambos unas 50 casas, cuyos moradores se ocupan en la pesca del atún, merluza, besugo, sardina, etc.". El 17 de abril del año 1624, la Junta general del señorío de Vizcaya, decidió fortificar los puertos y costas del Señorío y nombrar capitanes y oficiales en todas las villas y ante-iglesias de Vizcaya. Fue nombrado capitán de Ea, así como de Bedarona y Nachitua, el capitán D. Domingo de Uribe. Estos nombramientos de capitanes y oficiales dieron lugar a un pleito entre las villas y el señorío, revocando el rey Felipe IV estos nombramientos en noviembre del citado año. La razón de estas medidas de seguridad era la posibilidad de un ataque de naves holandesas, que no se verificó finalmente. En el año 1637, existiendo guerra entre España y Francia, el Señorío de Vizcaya acordó establecer guardias en los puertos como prevención contra un posible ataque de naves enemigas contra la costa vizcaína. En Ea se colocaron ocho guardias, que cobraban a razón de dos reales diarios. [Labayru; "H. G. S. B.", t. V, p. 258]. Entre otras medidas de prevención adoptadas por el Señorío de Vizcaya para defender sus costas de un posible ataque de naves francesas, figura lo acordado en reunión celebrada el 20 de abril del año 1639, por la que se designaban los lugares a los que debían acudir las gentes armadas de las localidades del interior del Señorío en caso de alarma. A Ea debían acudir los hombres armados de Nachitua, Bedarona, Ereño y Cortézubi. [Labayru; Op. cit., t. V, p. 281]. En el año 1656 la Junta general del Señorío de Vizcaya decidió enviar diversas cantidades de pólvora a los puertos, entre otras medidas de prevención contra un posible ataque a sus costas por parte de la armada inglesa de Cromwell. A Ea le correspondió un barril de buena pólvora seca. [Labayru; Op. cit. t. V, p. 406]. Ea figuraba con diecisiete marineros y artilleros y ocho grumetes en una relación, hecha en el año 1760 de los marinos que tenía el Señorío de Vizcaya. [Labayru; Op. cit., t. VI, p. 337]. En julio de 1760 se reunieron en Guernica las Juntas generales. Entre otros asuntos, se llevo a cabo el escrutinio para formar el registro de gente de mar que existía en los puertos del Señorío. Esta localidad resultó tener 17 marineros y artilleros, y 8 grumetes. [Labayru: Op. cit., t. VI, p. 337].