Eskola horren aurrekariak 1840. urtean abiatu ziren. Urte hartan Foru Aldundiak pentsioa eman zion Joaquin Fernandezi 1839an Pablo Montesinok sortutako Madrileko Maisuen Seminario Eskola Arruntera jo zezan ikasle gisa. Ikasle hark ez zuen sekula bere konpromisoa bete, hau da, etorkizunean probintziako eskola arrunt bateko zuzendari izatekoa. Eskola arruntaren sorrera 1845eko uztailaren 8an Ordizian egindako Batzarretan adostu zen. Araudia betez, eskola Probintziako goi-agintariak bizi ziren herrian kokatu behar zen, hau da, Tolosan, hiriburutza berreskuratu baitzuen 1844an.
Esperientziak hiru urte eskas iraun zuen, izan ere, 1848. urtean Zumaian egindako Batzarretan ixteko erabakia hartu zen, arazo ekonomikoen ondorioz eta eskolak ez zuelako eskola-eskaintza zehatzik ematen, finean, goi mailako lehen hezkuntzako eskola baino ez baitzen. Horrela, 1848-1865 bitartean Gipuzkoa halako instituziorik gabe izan zen. 1865ean, ordea, beste eskola arrunt bat ireki zen, kasu honetan maistrentzat. Ziurrenera maisutza karrera egiteko interesa zuten ikasleak Araba edo Nafarroako Eskola Arruntera joko zuten. Bestela, Bergara, Oñati edo Donostiako bigarren irakaskuntzako zentroetan jasoko zuten prestakuntza, zentro horietako eskaintzan aukera hori baitzegoen.
15 urte eskola arruntik gabe egon ostean, 1864. urtean eskola berreskuratzeko aukera aztertzeari ekin zitzaion. Horrela, hurrengo urtean bide berri bat abiatu zuen eskolak, kasu honetan ere laburra. Instrukzio publikoko Batzorde Probintzialak eta Juan Maria Eguren probintziako ikuskatzaileak hala gomendatuta, 1864an Irunen elkartutako Batzar Nagusiek Foru Aldundiari eskola arruntaren aukera aztertzeko eskatzea adostu zuten, probintziak alde horretatik zuen gabezia ikusirik. 1865eko uztailaren 28ko Errege Aginduz Gobernuak eskola sortzea onartu zuen, hartako barne-araudiarekin batera.
Zuzendari postuaren deialdia Donostian egin zen 1865ean. Hala, 1865eko abenduaren 1eko Errege Aginduz Regina Bizcarrondo izendatu zuten ofizialki zuzendari izateko, aurretik Donostiako oinarrizko eskola publiko osoko maisu izana. Eskolaren araudian lau ikasle kategoria ezberdintzen ziren: maistragaiak, azterketa egindako maistrak, maistra titulua ukan nahi ez duten ikasleak eta, azkenik, hamasei urtetik gorako gazteak "lehen irakaskuntzako ikasketak osatu nahi dituztenak eta bere sexuarekin bat datozen lanen ezagutza eskuratu nahi dutenak, erabilgarriak nahiz apaindurarako". Horrela, garai hartako emakumeen eskola arrunten erabilera bikoitza hori baitaratzen zuen zentroak. 1869ko uztailean eskola itxi egin zen ikasle gutxi zituelako. Hura itxi ostean, 30 urte luzez Gipuzkoa izan zen, Castellorekin batera, halako zentrorik ez zuen (ez emakumeentzat, ez gizonentzat) estatuko probintzia bakarra.