Itxuraketa-prozesu luze honen ondoren, nabe hirukoitzeko planta gotikoa agertzen du. Launa tarte nabe bakoitzeko eta gurutzadurarik gabe. Burualdea poligonala da, zazpi albotakoa. Girola batek korritzen du bertatik. Eskuineko nabearen gainetik alboko kaperak irekitzen dira. Beste aldean, berriz, bost aldetan banatutako eremu arkupetua. Hamabi tarteak, hiru nabetakoak, pilare biribilen bidez egituratzen dira, zutabetxo atxikiak dituztela. Pilareen gainean, ojiba-arkuen sistema bat ikus daiteke, ezelako apaingarririk gabeko kapitel faxatuetan pausatutakoa.
Nabe nagusiaren tarte guztietarako, gurutze-ganga konplexuak altxatzen dira. Lehenengo tartean sei alderditako ganga erabili da. Bigarrenean, hexagono irudiko tertzeleteen bidezko ganga. Hirugarren tartearen gainean, hamaika klabedun izar konplexu oktogonala agertzen da. Azken ganga izar itxurakoa da eta motibo geometrikoekin apaindutakoa. Burualdean, zortzi nerbiotako ganga erradiala goratzen da. Deanbulatorioak zazpi tarteak planteatzen ditu, lau erradiotako gangadunak. Alboko nabeetako zortzi tarteak gurutze-ganga soil eta zeharkako nerbioen bidez estali dira. Parrokiaren barnealde osoan zehar, korua izan ezik, XV. mendeko triforio gotikoak korritzen du. Hiru, zortzi eta bederatzi arteko bao trilobulatuen erregistroetan inguratutako konposizio irregular sotil eta ederra dugu.
Kanpoaldean, linea horizontaleko monumentu handi gisa agertzen zaigu, oinaldean kokaturiko dorre sendoa gailentzen zaiolarik. Kanpoko egituratik, parrokiaren irudiak pilarek eta arbotante lirainek ezaugarritzen dute, multzoari edertasun handia emateaz gainera. Erdiko nabearen presioari eta altuerari eusteko eraikitakoak dira. Arku arbotanteen erremate moduan pinakulu piramidalak ezarri dira, motibo geometriko eta zoomorfoekin apaindutakoak. Burualdearen kontrahormen gainean ere, pinakulu piramidalak agertzen dira tamainaz txikiagoak eta dekorazio hozkatuaz.
Tenpluaren estalki osoan harrizko gailurreria ederra ikusten apaingarri, erlaitzaren gainean ezarria. Epistolaren nabea eta burualdean lau gingiletako erronboen konposizioa ikusten da. Ebanjelioaren fatxadako gailurrerian, hiru gingiletako arkupeen segida errepikatzen da. Parrokiaren barruko aldea, absidearen eremuan eta hegoaldeko atalean kokatuta zenbait baoren bidez argiztatzen da.
Ipar fatxada, itsasoaren lazkeriarekiko paraleloan, itsua da. Burualdean, hiru hutsune zorrotz trigeminatu irekitzen dira. Hegoaldeko murruaren gainean, itxuraketa bertsuko zortzi bao handi agertzen dira. Goikoak beirategi polikromatuez estalita daude. Oinaldean, bi errosetoi baxu nabarmentzen dira eta konposizio mistilineo ederreko sabai-leiho zorroztua. Argiztaketa parrokiala osatzearren, sei hutsune zorrotz handi irekitzen dira barruko hiru kaperetan, bai eta absidearen osteko aldean banatutako beste batzuk ere.
Lekeitioko basilikak bi sarrera ditu. Sarrera nagusia mendebaldeko fatxadako atari gotikoari dagokio. XV. mendekoa da. Imajineria eskenografikoari dagokionean, euskal gotikoaren atarietarik esanguratsuenetakoa da. Pantalla handi baten modura antolatzen da, goitik beherakoa, friso batek bereizitako bi mailatan banatuta. Egitura osoa bi zutabe txiki lirainek inguratzen dute. Beheko erregistroan, arku zorroztu handi bat irekitzen da. Bederatzi arkiboltek osatzen dute, kapitel korritu zilindrikoen gainean pausatuta. Sarrerako bi ateak bi arku eskartzano dira eta mainel batek ebakitzen ditu. Mainelak Haurra daraman Andra Mari baten droselpeko eskulturari egiten dio toki. Francisco Crisal eskultorearen lana da. Tinpanoan, Hirutasunaren konposizio ederra ikusten da. Tallarik nagusiena Graziaren tronuarena da, non Jainkoak koroaturik Kristo gurutzatuari eusten dion ezkerreko eskuaz, eskuinaz benedikatzen duelarik. Eskena lau aingeruk osatzen dute; bi musikari eta bi intsentsulari. Kanpoko arkiboltaren gainazalean zehar, doselete azpiko hamabi aingeru ageri dira. Hauek guztiak musikariak dira eta garaiko musika-tresnak darabiltzate, salterioa, txirula edo okarina kasu. Frisoak, konposizioaren bereizle, hemeretzi talla dauzka drosel menpean. Erdiko irudiak, tamainaz handiago, Kristo Gurutzatua adierazten du. Albo bietan, seina apostolu eta beste hiruna eskena, Bataioa eta Pietatea nabarmentzen direlarik. Inpostaren linea, frisoa haren gainean dela, basiliskoek apainduta dago. Azpitik, alboetan, bi oinazpiko ageri dira, zeinek drosel pean bere fraide duelarik. Pilastratxo bertikalak, sarbidea inguratzen dutenak, albo bakoitzean aingeru eta sainduen zazpi irudi txikiez apaintzen dira. Aingeruen friskoa leiho nagusiaren azpian dago kokatuta. Troxa apaingarria da, non aingeruen hemeretzi gorputz-enbor adierazten baitira, eguzki, ilargi eta izar baten motiboez gain. Simetrikoki, atariaren goiko erregistroan, beste arku zorroztu bat ageri da, tamainaz sarreraren modukoa. Honen babeserako apaingarririk gabeko arkibolta dago, bertan trazeriako sabai-leihoa zabaltzen dela. Argia da oso atariko eskulturaren mintzaira didaktikoa. Bi mailatan banatutako katekesia. Behekoan, Jainkoak arteztutako lurra irudikatzen da; goikoan, zerua Gurutzearen ardatzak lotua. Mezu zinez adierazgarria erdi aroko gizakiarentzat, salbazioa Jainkoa eta Eliza bitarte iritsiko zitzaiola irakatsiz.
Parrokiako dorrea eraikinaren oinetan kokatzen da. Fuste kubikoa fabrika gotikoaren jatorrikoa da. Kanpaien gorputza 1856. urtekoa da. Estilo neoklasikoa izaki, planta oktogonalekoa da eta puntu erdiko lau arku ditu. Kupulan, lau idi-begi agertzen dira eta ezkata erradialen bidez apainduta dago. Dorrearen errematea linterna txiki batez eta gurutze batez osatzen da.
Parrokiaren barrualdean, mobleria zinez interesgarria gordetzen da. Erretaula nagusia Presbiterioaren eremuan kokatzen da. Estilo gotikoaz, XVI. mendearen hastapenetakoa da. Euskal erretaulagintza gotikoaren adibiderik eredugarrienetakoa dugu. Juan García Crial "Cristales" goitizeneko maisuak egindakoa da. Tamaina itzelekoa izanik, banku batek eta bost kale eta lau artekaletan antolatutako gorputz hirukoitzak osatzen dute. Egitura polikromatuta dago, nitxo eta panel bakoitzean filigranak dituztela. Bertako errepertorium ikonografiko zabalak Andre Mariaren eta Jesukristoren eskenak ditu ardatz. Horietatik nabari da Ama Birjinaren Lokartzearen eskena, Hamabi Apostoluk alboraturik.
Hauts-babesa estilo mudejarrekoa da eta motibo geometriko eta izarrekin apainduta agertzen da. Erdiko horma-hobian, XIV. mendeko Andra Mari eseri bat gordetzen da. Karmengo Andre Mariaren erretaula Ebanjelioaren eremuan dago kokatuta. XVIII. mendekoa da. Banku, kale bakarreko gorputz eta atikoan antolatzen da. Nabarmentzekoa da titularraren erliebea eta San Pedro eta San Antonen irudiak.
Girolan kokatzen da Antiguako Andra Mariaren erretaula. Estilo barrokoa du XVII. mendeko pieza honek. Banku, kale hirukoitzeko gorputz eta atikoan antolatzen da. XIII. mendeko andremariar talla interesgarria gordetzen du. Toki berean kokatzen da San Antonio Paduakoren erretaula. Banku, kale hirukoitzeko gorputz eta atikoa agertzen ditu. Francisco Ugartemendia eskultoreak egina da. Estilo barrokokoa, XVIII. mendearen amaierakoa da. Epistolaren aldean Santa Anaren kapera dago, egungo museo parrokialak hartua. XVI. mendearen hasierako aretoa da, ligaturadun tertzeletezko gangak estalitakoa. Bere barruan, zenbait pieza gordetzen da. Horien artean, Pasioaren triptikoa. Zur polikromatuaz eginik, XV. mendearen amaierako erretaula hispano flamenko da. Parrokiak Cavaille-Coll organoa ere badu. Lekeition jaiotako Jose Javier Uribarren Parisko bankariak finantzatu zuen.
1931.ean, Lekeitioko basilika intereseko kultur ondare izendatu zen. 1998.ean, eraikinaren zaharberritze osorako kanpaina dela eta, Euskal Herriko kultur ondare gisa sailkatzen da.