Ver además: Historia del País Vasco. Prehistoria
Las primeras ocupaciones humanas de la encrucijada vasca no nos permiten remontarnos más allá de 250.000 o 300.000 años. Se trata de los restos atribuidos al Paleolítico inferior en los niveles basales de distintos yacimientos al aire libre y en cueva, labortanos y guipuzcoanos, entre los que los nombres más conocidos son los de Lezetxiki (Arrasate) e Irikaitz (Zestoa). A pesar de que éstas serían las evidencias más antiguas que se nos han conservado (y hemos descubierto, puesto que pueden quedar aún diferentes yacimientos pendientes de descubrir), podemos suponer que la presencia humana en nuestra región remonta a fechas más antiguas. Resulta una constatación geográfica fácil de establecer que la encrucijada vasca, en el nudo de comunicaciones entre diferentes regiones naturales (el Valle del Ebro, la Meseta Norte, el Pirineo, el corredor cantábrico y la depresión de Aquitania), ha resultado clave para comprender el poblamiento humano de la Península Ibérica en su conjunto. En efecto, el flujo bidireccional de grupos humanos y de las manadas de ungulados migratorios entre la Península Ibérica y el resto del continente europeo se angosta fuertemente en los dos pasos preferentes, en el extremo occidental y el oriental de los Pirineos. Los grupos de cazadores-recolectores, nómadas permanentes, circulaban continuamente por el estrecho corredor delimitado por los Pirineos y el mar, en los valles de la Nive (País Vasco Continental) y el Bidasoa (Gipuzkoa-Navarra). Aunque no planteen condiciones determinantes, la línea de altitudes por debajo de los 500-600 metros sobre el nivel del mar ha marcado las áreas por las que los desplazamientos resultan más cómodos y los accesos, más sencillos. Dicho de otro modo, considerando que el paso del estrecho de Gibraltar parece haber estado inhábil durante buena parte del Pleistoceno, podemos entender que este paso (y el conjunto de la región vasca) era frecuentado desde el momento en que conocemos, hace casi un millón y medio de años, la primera presencia humana en la Península.
El mapa de los yacimientos del Paleolítico inferior en el País Vasco resulta fuertemente consistente con esta hipótesis. Entre los territorios del País Vasco continental, el corredor del Adour y el litoral del Lapurdi son las áreas que agrupan los principales yacimientos. Igualmente, en Gipuzkoa se observa una representación buena en el litoral, hasta llegar al valle medio del Urola (Astigarragako kobea e Irikaitz) y todo el valle del Deba. En Bizkaia, fuera del corredor litoral (Mendieta), se observa cierta permeabilidad hacia el interior por valles como el de Arratia. Los valles del Arratia y el Deba configuran los corredores por los que se accede hacia las regiones al sur de la divisoria de aguas, en Álava y Navarra. Los principales depósitos de ambos territorios se sitúan en los complejos de terrazas de los grandes cursos fluviales del Arga (cuenca de Pamplona) o Zadorra (Manzanos o Urrunaga). Estos complejos de establecimientos, sólo parcialmente en posición primaria, trazan las rutas de penetración hacia el NE de la submeseta norte o hacia comarcas más al este dentro del valle del Ebro. Los seres humanos que protagonizan el Paleolítico inferior vasco, sucesivamente del tipo de Heidelberg y neandertales, están lejos aún de conformar una imagen consistente del poblamiento.
El Paleolítico medio está asociado con la industria musteriense y del tipo humano neanderthal. La ecúmene de los neandertales muestra un registro más consistente en nuestra área, aunque comienza a asentarse ya para este periodo la infrarrepresentación de los establecimientos al aire libre, muy difíciles de localizar en nuestra geografía. Los principales yacimientos se sitúan en cuevas y abrigos rocosos, como los de Olha (Cambo), Zerratu (Deba), Amalda (Zestoa), Lezetxiki (Arrasate), Axlor (Dima), Abauntz (Arraitz) o Arrillor (Murua). Solo conocemos dos depósitos al aire libre bien descritos, el de Murba, también en Álava, y el de Mugarduia norte, en Navarra. En todo caso todavía muestran un número de depósitos muy deficiente si lo ponemos en relación con los cien mil años de ocupación musteriense de nuestro territorio.
Hace unos 42.000 años, nuestra propia especie comienza a ocupar el territorio, dejando sus restos más antiguos en la cueva de Labeko Koba (Arrasate). Las sociedades de cazadores-recolectores del Paleolítico superior empiezan a mostrar una demografía más pujante, y progresiva a lo largo de este periodo, que se cerrará hace unos 11.000 años. A lo largo de los sucesivos periodos (Chatelperroniense, Protoauriñaciense, Auriñaciense, Gravetiense, Solutrense y Magdaleniense), el número de yacimientos por milenio de duración va incrementándose, al igual que nuestro conocimiento de estos grupos. Yacimientos como el citado de Labeko Koba, Amalda y Erralla (Zestoa); Urtiaga, Ekain, Ermittia y Praile Aitz (Deba); o Aitzbitarte III y IV (Errenteria) trazan una densa red de establecimientos en Gipuzkoa. En Bizkaia, observamos parámetros similares, con numerosos yacimientos en Abadiño (Bolinkoba), Lekeitio (Santa Catalina, Lumentxa), Kortezubi (Santimamiñe, Antoliñako Koba), Sopela (Aranbaltza) o Galdames (Arenaza), entre otros múltiples. En el País Vasco continental, los hallazgos son menos abundantes, aunque no por ello de relevancia menor, en especial para los yacimientos de Isturitz y Gatzarria, con numerosos paralelos (Lezia, Le Basté, Azkonzilo, etc.), en general bajo cueva o abrigo. El Paleolítico superior, por su parte, constituye un escenario desatendido y mal valorado hasta hace poco en la investigación alavesa. Tan sólo en las últimas décadas se han reconocido como tales algunos yacimientos nuevos (Prado, Pelbarte, Arrillor, Socuevas, Mendandia o Martinarri, por ejemplo), y se han recalificado niveles de excavaciones antiguas (Berniollo, Montico de Charratu o Kukuma). Por lo que toca al territorio navarro, el desequilibrio es de otro tipo: prácticamente todas las identificaciones se han producido en el área pirenaica (Zatoya, Abauntz, Alkerdi, Berroberria), hasta la extensión, en las últimas décadas, a la Meseta de Urbasa (Portugain, Mugarduia Sur o el destruido yacimiento de Coscobilo, ya en la Sakana) o la Sierra de Alaitz, en la Navarra media.
La conclusión del Paleolítico coincide con el fin de la última glaciación. Aunque ya no existe un cambio de especie entre los seres humanos que ocupan el territorio (la nuestra propia), las adaptaciones culturales y cambios técnicos se van a suceder con ritmo creciente a lo largo del Holoceno. El primer conjunto de culturas ha sido el correspondiente a las adscritas al Epipaleolítico/ Mesolítico, términos no estrictamente sinónimos. A lo largo de un periodo de unos 5000 años (desde hace unos 11.000 a unos 6.000 años), se observa una aceleración sin precedentes en la sucesión de diferentes tradiciones materiales y ciclos culturales, algunos de ellos (como el Aziliense) más vinculados aún al Paleolítico superior y otros, comunicando una especialización importante y dificultades para mantener a la población en aumento sobre la base económica de la depredación. Desde el punto de vista de la ecúmene, mientras el primer tercio del periodo se vincula aún fuertemente con los territorios de menor altitud de la vertiente atlántica, los dos tercios restantes se registran por igual sobre todo el territorio, avanzando el interés creciente de los grupos productores por las áreas del Valle del Ebro. La mejoría climática permite una emancipación progresiva de las cuevas, de modo que los principales yacimientos de este periodo de tránsito se localizarán en abrigos rocosos (en las áreas de Jaizkibel, la cuenca de Lea-Artibai, las sierras interiores de Gipuzkoa y Bizkaia, el Pirineo y Prepirineo navarro y, sobre todo, el alto Valle del Ebro, en territorio alavés y navarro). De norte a sur se observa también el fenómeno citado de preferencia por hábitats más abiertos, de modo que si Zatoya, Berroberria, Antonkoba o Urratsa III, por poner algunos ejemplos, son cuevas y yacimientos relevantes del periodo en el área septentrional, Atxoste, Mendandia, Portugain, La Peña de Marañón, Socuevas, Fuente Hoz u otros sitios bajo abrigo marcan el morfotipo más característico de yacimiento en la vertiente mediterránea. Un fenómeno interesante de este periodo es la primera práctica sistemática de las inhumaciones humanas, en un contexto aún individual (Linatzeta, J3, Aizpea, etc.).
Hace unos 6700 años (Los Cascajos, Peña Larga), comienzan a llegar desde el este grupos que practican la economía de producción (agricultura y ganadería), que fabrican cerámicas y utilizan instrumental en piedra pulida para clarear los bosques (hachas) y trabajar los terrenos obtenidos (azadas y azuelas). El registro del que disponemos resulta aún incompleto, pero sabemos que en el curso de los siguientes mil años, estas prácticas estaban extendidas al conjunto del territorio. Además de los arriba citados yacimientos, otros depósitos clave para abordar el proceso de neolitización son Abauntz (Navarra), Herriko Barra (Gipuzkoa), Kobaederra y Arenaza (Bizkaia) y Atxoste, Los Husos y Mendandia (Álava). La mejoría climática que conlleva el Neolítico, unido a la práctica de actividades económicas al aire libre y al hábitat estable en los nacientes poblados dan lugar a una marginación definitiva de las cuevas como medio de habitación: sólo se retornará a ellos para desarrollar determinadas actividades (aprisco, inhumación) y en los momentos de inestabilidad. El hábitat en poblados, que en el País Vasco no comienzan a fortificarse hasta avanzada la Edad del Bronce, conllevan una cierta invisibilización del registro arqueológico, ya que apenas hemos localizado este tipo de asentamientos tan antiguos. Lo compensa de algún modo que durante el Neolítico se transite de la inhumación individual a la colectiva, dando lugar a conjuntos megalíticos de gran relevancia y bien conocidos entre nosotros. Las inhumaciones en cuevas sepulcrales también representan una parte importante del registro del periodo.
Dando continuidad a los usos sepulcrales de cuevas y a la construcción de megalitos como medos de inhumación, las sociedades humanas desarrollan la metalurgia. Del cobre en primera instancia (Calcolítico), que se alea después con estaño para producir bronce (Edad del Bronce), y finalmente, del Hierro. A lo largo de este itinerario, que concluirá con la llegada de los pueblos históricos a nuestro territorio (los romanos) durante los dos siglos anteriores al cambio de era, los poblados van haciéndose más complejos y se fortifican progresivamente. La afección originada por agricultura y ganadería sobre el bosque y el medio natural adquiere dimensiones muy notables, denotando prácticas extensa y de bastante intensidad. El concepto de propiedad del suelo o de los bienes, debía de estar muy extendido, dado que los signos de conflicto entre los distintos grupos son bien visibles en depósitos calcolíticos (San Juan ante Portam Latinam, Longar) y de periodos posteriores (La Hoya). Se observa un basculamiento progresivo en las preferencias por zonas de hábitat situadas en el Valle del Ebro, respecto a los territorios atlánticos. Si en época calcolítica todavía hay cierto equilibrio en la densidad de ocupaciones entre ambos, durante la Edad del Hierro conocemos aproximadamente cuatro poblados en la vertiente mediterránea por cada uno en el lado atlántico del país. Además, durante la Edad del Hierro se detecta la llegada de nuevos usos culturales y, acaso, nuevas gentes, con la sustitución del ritual de inhumación por el de incineración de los muertos, cambio que se suele vincular a la llegada de los grupos indoeuropeos, que aportan además sus lenguas, ampliamente extendidas en Europa, siendo el euskara el único testimonio previo que sobrevive en Europa occidental.