Asko idatzi da agotez, batez ere sufritu zuten bazterkerian ikusi nahi izan baitute euren jatorria. Goian aipatu ditugun Erdi Aroko izenak bat etortzeak eta baztertuta izateak legenarekin lotzen dituzte agotak, nolabait: herrietatik kanpo bizitzera, soinean bereizgarriak eramatera, iturri ezberdinetan edatera, ura hartzen edo ogia erretzen azkenengoak izatera, euren tresnak baino ez erabiltzera, eurek jan behar ez zuten jakirik ez ukitzera eta abarretara behartzen baitzituzten. Labur esanda, kutsadura alde batera uzteko neurriak hartzen zituzten. Hala ere, ez datoz guztiz bat agotekiko harremana eta legendunekikoa, eta agoten aurkako bazterkeria arauak bigunduz joan ziren harreman fisikoei dagokienez, baina ez eskubide ekonomiko eta politikoei dagokienez, eta are gutxiago komunitatearen ordezkatze sinbolikoari dagokionez. Historiako dokumentuetan agertzen ez den legen mitifikatu baten ekarletzat hartzen zituzten herritarrek agotak: Jainkoak gaixotasun horrekin zigortutako pertsonaia bibliko baten ondorengoak omen ziren, eta beraiena aurkako bazterkeria arrazoituta zegoen herentziazko gaixotasuna izateagatik, baina ez gaixotasun fisikoa, baizik eta gaixotasun hori eragindako gaiztakeria morala. Beste batzuetan legendun faltsuen ondorengotzat hartu dituzte, eta horren arabera, gaixoarenak eginez karitatetik bizi nahi omen zutenez, hipokresiagatik zigortuak zirelako ustea zegoen. Besteetan heretikoen ondoregotzat hartu zituzten, batez ere kataro edo albitarrenak, eta agotek eurek onartzen dute jatorri hori dutela, Aita Santuari egindako tratu-berdintasun eskabide batean. Beste bertsio kultuago batzuetan mendian isolatutako ariotar edo antzinako kristauen ondorengotzat hartzen dituzte. Beste jatorri batzuk ere ezarri dizkiete, hala nola, godoa, sarrazenoa, zelta, bozioak jotako jendea, kretinismoak jotakoak etab.
Jatorri horien ikerketak XVI. mendeaz geroztik argitaratu egiten ziren, eta batez ere etimologian nahiz agoten ezaugarri fisikoetan oinarritzen dira. Ikerketa horiek, funtsean, herritarren aurreiritziak balioetsi zituzten, adituen oharrak lagun. Horrela, got terminoak balio izan du bai agoten jatorria godoa zela (cagot=txakur godoa), eta bai sarrazenoa zela erakusteko ere (cagot= cazagodos). Kristauekin lotutako hitzek balio izan dute bai agoten antzinako kristautasuna, bai euren kristautasunaren faltsukeria, bai euren kretinismoa -egozten zizkieten gaixotasunetako bat - erakusteko. Argi dago egotzitako bereizgarri fisiko hauek gezur borobilak zirela: kiratsa, belarri gingilik edo muki jariakinik eza, odol eta hazi jario etengabea, oinatz biluziek lurra erretzeraino hel zitekeen gorputz berotasun handia etab. Adituek ez ohi dute horrelakorik onartu, baina aipatu egiten dituzte euren gorpuzkera edo gorputzaren, buruaren nahiz aurpegiaren ezaugarri bereziak. Ezaugarriok ere agoten jatorrien araberakoak dira: godoak izanez gero, gorrailak; mairuak izanez gero, beltzaran eta lirainak; arraza borrokalari batekoak izanez gero, ahulak eta gaixoberak, eta akats fisiko eratorriak zituztenak etab. Bitxia bada ere, herri kontuek alde batetik ezaugarri fisiko txundigarriak nabarmentzen zituzten, baina bestetik oso ederrak zirela zioten. Ustez psikologikoak diren analisietan ere kontraesan berberak agertzen dira, egileak zuen iritziaren arabera: baldarrak, adimenik gabeak, doilorrak, gaixoberak, lizunak, alde batetik, edo adimentsuak, otzanak, langileak, harroak eta ausartak, bestetik. Askok nabarmentzen dute euren apaltasuna, batzuen arabera, euren bizi-baldintza sozial eta ekonomiko latzengatik, edo beste batzuen iritziz, agoten kristautasun edo legen faltsuaren ondoriozko izaera hipokritagatik. Botere magikoak, aberastasun izugarriak, indar eta sendotasun paregabea, adorea, lizunkeria... Antolinik aipatu zuenez, gizarteak gaitzesten zuen guztia alderantzizko ordenan agertzen zen agotengan.
XIX. mendeaz geroztik bazterkeria fenomenoa bera aztertu egin zen, zerk eragin zuen, baita zerk iraunarazi zuen ere, eta horretarako agotak eurak aztertu beharrean, kanpo uzten zituen gizartearekiko kontraste bezala ikertu zuten. Jatorriaren eta bazterkeriaren iraupenaren arrazoi gisa, jauntxo batzuek ezartzen zieten morrontza-erregimenetik askatzeko gaitasun eza aipatu izan da, adibidez, Ursua etxekoek Bozatekoekiko, eta Jaurolakoek Elbeteakoekiko (Baztan), Etxauzekoek Baigorrikoekiko, Lograsekoek Garaziko (Donibane Garazi) hainbat guneekiko etab. Izaera feudaleko mendekotasun hori ez zegokion etxeen eta lurren errentak ordaintzeari bakarrik, eta horrek agotak maila baxuagoan uzten zituen egoera juridikoan, zergen zamarik ez zuten euren auzokoen aldean. Baina azalpen hori eskas geratzen da, izan ere, agot guztiek ez zuten morrontza-harremana, eta bestetik harreman mota hori beste talde batzuekin ere sortzen ziren, izan ere agotak eta agot ez zirenak, biak agertzen dira auzietan batera, jauntxoen aurka.
Beste muturreko planteamendua ere egin izan da bazterkeriaren arrazoia azaltzeko: hierarkizazio feudal klasikoa. Agotak eskematik kanpo daude: nobleen itzalpean bizi baziren ere (agotek eraikitzen zituzten gazteluak eta horrek eragiten zuen menperatutako nekazarien gorrotoa), ez ziren nobleak eta ezin zuten armarik eraman; ez zuten zergarik ordaintzen eta ez zeukaten errekrutatzeko beharrik; ez ziren eta ezin ziren eliza-gizonak izan, nahiz eta agoten gune batzuk, bertako biztanleak barne, monasterioetako jurisdikziopean egon, eta horrek dakartzan immunitateak izan; ez zuten hirugarren estatuan parterik hartzen, ez hiribilduetan ezta herri guneetan ere, ezin baitzuten izan kargu publikorik edo auzokidetzari zegozkion eskubiderik. Artisauak ziren baina ez zuten gremioetan parterik hartzen. Batzuetan ematen zitzaien tratua juduei emandakoaren antzekoa zen; baztertuta bizitzera behartuta zeuden, ez urrun, baina bai muga argi bat -zubia, erreka, basoa, bidea- zuen lekuetan.
Jatorria alde batera utzita, Antzinako erregimeneko gizarte batean herentziaz hartzen ziren bai odol garbitasuna baita lohikeria ere, beraz, jatorri iluna izatearen susmo hutsa nahikoa zen bazterkeria ezartzeko. Edozein kasutan ere, beti hartu izan dituzte kanpotartzat: Aragoan, nafartzat; Erronkarin, biarnotar eta aragoitartzat; orokorrean Pirinioetako hegoaldean ipar isurialdetarrak zirelakoan zeuden, eta ipar isurialdean, hego isurialdetarrak. Jatorri berekoak zirenik ere ez dago argi, jakina dena da erakundeek eta herriak agotetzat hartu zituztela, lurralde zabal samar batean hainbat arrazoirengatik baztertutako taldeak. Baina beste talde etnikoekiko nahasketarik (hala nola ijito edo moriskoekiko) izatekotan, puntuala baino ez zen izan. Lapurdiko kostaldeko kaskarotak ijito eta agoten ondorengoak direlako ustea egiaztatzen duen datu sinesgarririk ez dago.